Biblioteka IHN PAN powstała w 1955 r. Profil zbiorów obejmuje: historię, historię nauk społecznych i humanistycznych, ścisłych i technicznych, historię medycyny, historię oświaty i wychowania oraz historię nauk o Ziemi. Obecnie księgozbiór liczy ok. 16 tys. woluminów książek i 80 tytułów czasopism (np. Annals of Science, Archive for History of Exact Sciences, Historia Mathematica, History and Philosophy of Life Sciences, History of Education, Isis Journal for the History of Astronomy, Science in Context. Biblioteka IHN PAN gromadzi też zbiory specjalne: starodruki, mikrofilmy, fotokopie i rękopisy. Posiada katalogi: alfabetyczny, przedmiotowy, czasopism, starych druków, mikrofilmów i fotokopii, odbitek.W opracowaniu jest katalog komputerowy przygotowywany w programie ISIS. Biblioteka prowadzi wymianę z 60 bibliotekami zagranicznymi, np z The Library of Congress w Waszyngtonie, Bibliotheque Nationale w Paryżu, Bodleian Library w Oxfordzie, University of California w Berkeley.